Conan, Ran e Sonoko indagano su una serie di apparizioni spettrali al liceo Teitan, legate a uno studente deceduto anni prima in un incidente scolastico. Al gruppo si unisce il vero dottor Araide, tornato ufficialmente in Giappone; egli confessa a Conan di essersi rifugiato all’estero su consiglio dell’FBI per permettere agli agenti di monitorare Vermouth mentre lei ne usurpava l’identità. Il mistero si infittisce quando il banco del defunto, originariamente riposto in magazzino, appare inspiegabilmente al centro del cortile: l’oggetto è perfettamente asciutto, nonostante una recente pioggia torrenziale. Conan inizia ad analizzare la tempistica degli eventi e la struttura dell’istituto, convinto che qualcuno stia manipolando la leggenda del fantasma per nascondere attività illecite nella scuola.