Alcatraz, 21 marzo 1963: 256 prigionieri e 46 guardie, ovvero tutte le persone che all’epoca si trovavano nella celebre prigione californiana, scompaiono improvvisamente. Allora, per coprire l’evento, venne dichiarato che per motivi economici la prigione era stata chiusa e i prigionieri trasferiti presso un altro istituto penitenziario. Nel presente, la detective Rebecca Madsen, del dipartimento di polizia di San Francisco, che recentemente ha perso il partner in azione, mentre entrambi inseguivano un sospetto, viene chiamata sulla scena di un omicidio. La vittima è Elijah Bailey Tiller, ex carceriere di Alcatraz poi divenuto agente federale; status che rende il caso di competenza dell’FBI. L’agente Emerson Hauser assume quindi la guida delle indagini, estromettendo Rebecca, che viene allontanata dalla scena del crimine in modo rude, ma non prima di aver preso un oggetto sul quale sono presenti le impronte del probabile assassino. L’agente Madsen analizza il reperto ed identifica Jack Sylvane, ex prigioniero di Alcatraz. Poiché si sente emotivamente coinvolta in quanto suo zio, Ray Archer, che si è presa cura di lei dopo la morte dei genitori, e suo nonno, Thomas Madsen, erano state guardie carcerarie, Rebecca è determinata a proseguire le indagini nonostante il caso non sia più sotto la giurisdizione del suo dipartimento.